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Résumé

Ce mémoire d’habilitation à diriger des recherches présente une partie des travaux que j’ai conduits depuis l’obtention de ma thèse de doctorat en 2013. Ces recherches s‘inscrivent dans le champ de l’écologie microbienne des écosystèmes naturels et anthropisés. Initialement centrées sur le rôle des microorganismes dans les cycles biogéochimiques au sein d’environnements hydrothermaux, mes recherches ont progressivement évolué vers l’étude des interactions entre microorganismes, environnement et organismes hôtes, ouvrant ainsi la voie à une approche intégrée des holobiontes marins. Mes travaux postdoctoraux ont permis d’explorer la diversité microbienne et fonctionnelle des communautés microbiennes dans des écosystèmes contrastés, depuis les systèmes hydrothermaux côtiers riches en arsenic jusqu’aux archives sédimentaires utilisées pour reconstruire les variations hydroclimatiques passées et les activités antropiques en explorant les communautés microbiennes et leur variations face à ces changements. Mes travaux m’ont aussi permis d’étudier les interactions microorganismes-substrats dans des environnements anthropisés tels que les murs et œuvres d’art d’une station de métro de Stockholm, biofilm formé sur des oxydes de manganèse sur des murs; ainsi que les processus de colonisation et de biodégradation des microplastiques en milieu marin. Ces recherches ont contribué à mieux comprendre la capacité d’adaptation des communautés microbiennes face aux contraintes naturelles ou anthropiques. Depuis mon recrutement à l’Ifremer en Nouvelle-Calédonie en 2018, mes recherches se concentrent sur l’écologie microbienne appliquée à l’aquaculture durable de la crevette bleue du Pacifique, Penaeus stylirostris. Elles s’articulent autour de trois axes complémentaires : les interactions entre environnement, microbiote et hôte dans les élevages larvaires, les relations entre microbiote actif et immunité des crevettes, et le potentiel de bioremédiation des sédiments aquacoles par les halophytes et leurs communautés microbiennes associées. Ces travaux ont permis d’identifier les facteurs influençant la mise en place du microbiote larvaire de P. stylirostris et d’identifier des biomarqueurs microbiens associés à la santé des élevages larvaires. Ils ont aussi permis de mettre en avant les relations entre microbiote actif et l’immunité des crevettes adultes ainsi qu’une immunostimulation différentielle selon le site d’élevage. Enfin ces travaux ont mis en lumière le potentiel de bioremédiation des sédiments aquacoles par les halophytes et leurs communautés microbiennes associées de la rhizosphère. Plus récemment, mes recherches se sont ouvertes à l’étude de la diversité microbienne du continuum terre-mer ainsi que de la réponse des holobiontes aux forçages environnementaux, confirmant le rôle central des microorganismes dans le fonctionnement et la résilience des écosystèmes.

 

 

 Composition du jury

• Véronique Berteaux-Lecellier, HDR, CNRS
• Fabian Carriconde, HDR, IAC
• Gwenaëlle Le Blay, professeure des universités, UBO
• Yannick Gueguen, HDR, IFREMER
• Yves Letourneur, professeur des universités, UNC

 

Contact

nolwenn.callac@ifremer.fr